Кулов был арестован сотрудниками министерства национальной безопасности 22 марта 2000 года прямо в больничной палате кардиологической клиники. Его обвинили в злоупотреблении служебными полномочиями в бытность министром национальной безопасности в 1997-98 годах. Кулову, в частности, инкриминировали несанкционированное использование спецаппаратуры.
В августе военный суд Бишкекского гарнизона полностью оправдал опального генерала, освободив его прямо в зале суда. Но уже 11 сентября судебная коллегия по уголовным делам военного суда Киргизии отменила августовский вердикт. Новое рассмотрение состоялось в ином составе суда, и сегодня военный суд Бишкекского гарнизона приговорил Феликса Кулова к семи годам лишения свободы - с отбыванием наказания в колонии усиленного режима - и конфискацией имущества.